Immunglobuline der B-Zellen und Oberflächenrezeptoren der T-Zellen bewirken zusam-men mit den MHC-Proteinen, die von allen Körperzellen gebildet werden, das spezifische Erkennen und Unterscheiden von Makromolekülen bei der Interaktion von T-Zellen und Körperzellen, seien sie unverändert oder durch Bindung fremder Moleküle verändert. Die MHC-Proteine des Menschen werden auch als ‚human-leucocyte-associated antigens'  (HLA-Antigene) bezeichnet. Ihr Polymorphismus ist so groß, dass es unwahrscheinlich ist, dass zwei Individuen den gleichen Satz an HLA-Antigenen tragen (ausgenommen eineiige Zwillinge/Klone). Sie wurden nach dem DNA-Abschnitt ihrer Codons benannt:      'major histocompatibility complex'.

Es werden zwei Klassen von MHC-Molekülen unterschieden:
1)      HLA Klasse-I  Antigene (diese charakterisieren fast alle kernhaltigen Körperzellen)
2)      HLA Klasse-II Antigene (finden sich speziell auf den immunkompetenten Zellen  und machen diese somit von den anderen Körperzellen unterscheidbar).

HLA Klasse I Antigene sind immunologisch von Bedeutung, da T8- und zytotoxische T-Zellen (CTL) ihr spezifisches Antigen nur im Kontext mit individuentypischen HLA Klasse I Antigenen erkennen, welche ihnen von antigenpräsentierenden Zellen dargeboten werden. Demnach ist vorstellbar, dass bestimmte HLA-Antigene HIV-Peptide dem Immunsystem “besser” präsentieren können als andere. Eine Beziehung bestimmter   HLA-Allele zu einem prognostisch günstigeren Verlauf der HIV-Infektion wurde bereits    in einigen epidemiologischen Studien gezeigt (CARRINGTON; KASLOW - siehe unten).

HLA Klasse I Moleküle, darunter HLA-C und HLA-Bw4, aber nicht -Bw6, sind zudem Liganden für Rezeptoren natürlicher Killerzellen (KIR), die im wesentlichen auf NK-Zellen exprimiert werden, womit ihnen eine Bedeutung auch bei der Kontrolle der akuten HIV- Infektion zugedacht wird. In einer Kohorte von 116 Patienten mit determiniertem Zeitpunkt der Serokonversion wurde das Vorkommen bestimmter HLA-B und -C Allele untersucht. Dabei zeigte sich, dass eine Homozygotie von HLA-Bw4 (p=0.00001), einschließlich HLA -B*27, -B*44, -B*51, -B*57 und -B*1524 signifikant mit einer pro-funden Suppression der Plasmavirämie in Abwesenheit von ART assoziiert war.        Dabei sind offensichtlich Allele des HLA A-Lokus konstanter hinsichtlich ihres Effektes  auf den Verlauf der Erkrankung als andere Allele. Diese Ergebnisse legen nahe, dass gerade hinsichtlich der Entwicklung von Vakzinestrategien genetische Unterschiede in verschiedenen Populationen von Bedeutung sein können.